Elegir manualmente aeropuertos de salida y destino
Actualmente está disponible la opción de "Incluir aeropuertos cercanos", pero se podría añadir la posibilidad de marcar manualmente los aeropuertos desde los que se quiere salir. Por ejemplo: en Barcelona, incluye como cercano Gerona pero no Reus; desde Zaragoza, no incluye cercanos pero se podría salir desde Madrid, Barcelona o Bilbao.

Hay que tener en cuenta que Trabber obtiene parte de sus resultados de las webs de las agencias de viajes, que no permiten especificar los aeropuertos de una forma tan general.
Por ahora para este tipo de búsquedas la única opción es partirlas en varias búsquedas en Trabber.
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oriolgines commented
Creo que después de una búsqueda se podría hacer otra de vuelta o a un aeropuerto que elijas, pero restringida a esos aeropuertos cercanos. Así me puede ir bien volar de Barcelona a Bruselas, pero vover desde Amsterdam (cercano?) a Girona, porque viajo por zonas.